Отторжение трансплантата роговицы встречается крайне редко. Когда это происходит, осуществляется интенсивное местное лечение глазными каплями, которое в большинстве случаев является эффективным методом для устранения отторжения. Если, несмотря на лечение, отторжение продолжается и роговица необратимо теряет свою прозрачность, можно прибегнуть к выполнению новой трансплантации.